指導意見指出，各省（區、市）衛生行政和價格主管等相關部門要對基本藥物近三年市場實際購銷價格進行全面調查，包括社會零售藥店零售價格以及基本藥物制度實施前基層醫療衛生機構的實際進貨價格。市場實際購銷價格應作為基本藥物采購的重要依據，原則上集中采購價格不得高于市場實際購銷價格。衛生部和國家發展改革委要收集匯總各地市場價格調查情況，建立基本藥物價格信息庫。

　　采購機構通過集中采購確定的采購價格（包括配送費用）即為基層醫療衛生機構實際銷售價格。

　　指導意見要求，建立基本藥物指導價格動態調整機制。價格主管部門要加強對基本藥物成本調查和市場購銷價格監測，進一步完善基本藥物定價方式，動態調整基本藥物指導價格水平，指導各地合理確定集中采購價格。對獨家品種以及經多次集中采購價格已基本穩定且供應充足的基本藥物，要探索實行國家統一定價。各省（區、市）價格主管部門要加強對基本藥物價格執行情況的監督檢查，依法查處各種價格違法行為。

　　同時，指導意見鼓勵各地區、各有關部門進一步探索降低基本藥物采購價格、保障供應和質量的有效措施，確保基層醫療衛生機構按照實際購進價格銷售基本藥物。鼓勵通過發展現代物流等多種手段，進一步降低藥品流通成本。